A partir de las pruebas nacionales Icfes 1980-2009 el presente estudio estima el porcentaje de la variabilidad del logro atribuible al plantel educativo —el efecto colegio— dentro de un análisis multinivel y discriminando por sector educativo. Los resultados sugieren, por un lado que, sin importar la prueba, el efecto colegio público siempre ha sido menor que el efecto colegio privado y que la incidencia en la prueba de matemáticas es siempre mínima; y, por otro que, a partir del 2000, se registra una caída considerable en el coeficiente en ambos sectores y en todas las pruebas y se mantiene en bajos niveles hasta finales de década, lo que indica que el cambio de metodología y de forma efectuado a las pruebas en dicho año modificó la importancia del colegio en el rendimiento académico de los estudiantes colombianos. Finalmente, con un análisis intertemporal de los percentiles de los puntajes —algo novedoso en el país—, se encuentra que los colegios privados han estado siempre mejor posicionados que los públicos en todas las pruebas analizadas.
